De geschiedenis van de Trefkerk begint waarschijnlijk al in de 13de eeuw toen het als rooms buurtkerkje fungeerde voor een aantal kleine nederzettingen zoals Terwischa en Aekinga. Later, door de ontveening en de aanleg van de Compagnonsvaart in de 19de eeuw, kwam deze kerk een eind buiten de dichter bevolkte gebieden (het huidige Appelscha en Ravenswooud) te liggen en verloor het zijn functie. Op de website van de historische vereniging Appelscha vinden we onderstaand verhaal geschreven door Johan Oosterloo:
Uit de geschiedenis van de Sint Nicolaas kerk te Appelscha.
Jan Ennik en Rienk Klooster hebben een vernieuwde uitgave van dit boekje over de geschiedenis van de kerk in Oud-Appelscha verzorgd. Jan Ennik weet aannemelijk te maken dat dit kerkje voor 1328 gesticht moet zijn. Was de kerk van Appelscha oorspronkelijk verbonden met de kerken van Donkerbroek, Haule, Oosterwolde en Fochteloo, later alleen met beide laatstgenoemde.
In 1839 werd de kerk van Appelscha zelfstandig. Dat zal te maken hebben gehad met de groei van de bevolking na het begin van de vervening in 1827. De kerk stond eenzaam op de heide en daarom werd er in 1869 een kerk gesticht aan de vaart. Jan Ennik gaat ook uitgebreid in op de bouwkundig-historische geschiedenis van de kerk. De toren is in 1857 afgebroken en op die plaats is er bij de kerk een stuk aangebouwd.
De kerk is in 1903 verdwenen en toen is er op die plaats een nieuw godshuis gesticht. In deel II van het boekje gaat Rienk Klooster in op de geschiedenis van de toren. Hij komt tot de conclusie dat de oorspronkelijke zadeldaktoren waarschijnlijk in 1789 is afgebroken en vervangen door een exemplaar met een spitse toren. Deze toren en de klokkenstoel die er in gebouwd was, waren rond 1850 in zo’n slechte staat dat de klok niet meer geluid mocht worden. Die toren moet ingebouwd zijn in de kerk, geconstrueerd boven het portaal en rustend op pilaren. Die toren is in 1858 afgebroken en de klok zal toen wel in een klokkenstoel geplaatst zijn op het kerkhof bij de kerk.
(Bestellen? Dit boekje is verkrijgbaar bij de Historische Vereniging Appelscha: www.hvappelscha.nl )
Vanaf 1869 tot eind jaren zestig werd deze kerk eens per maand gebruikt maar daarna functioneerde het gebouw enige jaren alleen nog maar als ‘onderweg kerk’ of trefkerk, met korte speciale diensten die een interkerkelijk karakter droegen. De Trefkerk moest een plaats zijn van bezinning in de drukke zomermaanden voor mensen die veel onderweg waren.
In 2001 is het gebouw door de kerkelijke gemeente verkocht aan een particulier die van de kerk een woonhuis maakte met een atelier. Daaropvolgend heeft de onderverdieping verschillende functies gehad. De begraafplaats en de Klokkenstoel zijn nog in eigendom van de Stichting Begraafplaatsen Appelscha die deze samen onderhoudt. Het voormalige kerkgebouw is nu een gemeentelijk monument, de Klokkenstoel een rijksmonument.
Naast de Klokkenstoel staat nog een origineel baar- of lijkenhuisje dat in vroeger tijden werd gebruikt voor onder andere de tijdelijke opbaring van overledenen die niet geïdentificeerd konden worden of leden aan een besmettelijke ziekte. Het huidige baarhuisje is in slechte staat van onderhoud maar er is een idee voor restauratie.